Aktualisiert am 4. März 2026 | Verfasst vom Patsnap-Team

Für Patentfachleute, die im Bereich der Biologika tätig sind, stellt sich immer wieder dieselbe Frage: Ist diese Proteinsequenz bereits patentiert? Ganz gleich, ob Sie eine Freedom-to-Operate-Analyse (FTO) für einen monoklonalen Antikörper durchführen, den Stand der Technik für ein neuartiges Enzym bewerten oder ein Patentportfolio im Bereich der Gentherapien verwalten – die Möglichkeit, Proteinsequenzen globalen Patentanmeldungen zuzuordnen, ist von entscheidender Bedeutung. Um patentierte Sequenzen effektiv zu identifizieren, sind spezielle Tools für die Patentrecherche nach Proteinsequenzen erforderlich.

Die Zuordnung von Proteinsequenzen zu weltweiten Patentanmeldungen kann mithilfe öffentlicher Datenbanken (z. B. NCBI BLAST), nativer Tools von Patentämtern (z. B. USPTO) oder spezialisierter kommerzieller Suchplattformen für Biosequenzen wie Patsnap Bio erfolgen. Jede dieser Tool-Kategorien bietet spezifische Funktionen für die FTO-Analyse, die Bewertung des Stands der Technik und das strategische Portfoliomanagement in den sich rasch entwickelnden Bereichen der Biologika, der Gentherapie und der Proteintherapeutika.

Die Herausforderung besteht darin, dass Sequenzdaten in Patenten nicht wie Text durchsucht werden können. Es handelt sich um strukturierte biologische Informationen – Aminosäureketten, Nukleotidsequenzen, CDR-Regionen –, für deren Abfrage, Analyse und Vergleich spezielle Tools erforderlich sind. Angesichts von Millionen von Sequenzauflistungen, die bei Patentämtern weltweit eingereicht wurden, ist eine manuelle Suche schlichtweg nicht skalierbar, was den Bedarf an fortschrittlichen Tools für die Suche nach Proteinssequenzpatenten unterstreicht.

In diesem Beitrag vergleichen wir die wichtigsten verfügbaren Tools und Ansätze zur Zuordnung von Proteinsequenzen zu Patentanmeldungen, bewerten deren Stärken und Grenzen und helfen Ihnen dabei, die richtige Lösung für Ihren Arbeitsablauf zu finden.

Warum ist die Suche nach Proteinsequenzen in Patenten so komplex?

Im Gegensatz zur Patentrecherche anhand von Stichwörtern erfordert die Suche nach biologischen Sequenzen Algorithmen, die nicht nur exakte Übereinstimmungen, sondern auch homologe Sequenzen, Varianten und funktionell ähnliche Proteine identifizieren können. Angesichts des rasanten Wachstums des Marktes für Biologika, das sich in einer steigenden Zahl von behördlichen Zulassungen und Patentanmeldungen für neuartige Therapien widerspiegelt, ist eine umfassende Sequenzsuche noch wichtiger geworden. Sie haben es zu tun mit:

• Millionen von Sequenzlisten aus dem USPTO, dem EPA, der WIPO und anderen Rechtsordnungen
• Teilübereinstimmungen, Mutationen und Sequenzfragmente, die möglicherweise weiterhin rechtlich relevant sind
• Die Notwendigkeit, Sequenzen dem Rechtsstatus, den Rechtsnachfolgern und dem Umfang der Ansprüche zuzuordnen
• Antikörperspezifische Suchen, die sich auf CDR-Regionen konzentrieren, nicht auf Sequenzen in voller Länge

Aus diesem Grund sind spezielle Plattformen für die Suche nach Biosequenzen für IP-Experten in den Bereichen Biopharma, Gentherapie und Proteintherapeutika unverzichtbar geworden.

Option 1: Öffentliche Datenbanken (NCBI BLAST, EBI, PatentLens)

Öffentliche Datenbanken wie das BLAST-Tool des NCBI oder das European Bioinformatics Institute (EBI) bieten kostenlosen Zugang zu Sequenzabgleichen und Suchfunktionen. Einige dieser Plattformen verfügen über integrierte Patentsequenzdatenbanken, wie beispielsweise die Patentabteilung des NCBI oder Initiativen wie PatentLens (früher von CAMBIA angeboten).

Stärken

• Kostenlos nutzbar und für alle zugänglich
• Bewährte Algorithmen (BLAST, FASTA) für das Sequenzabgleich
• Nützlich für die grundlegende Recherche zum Stand der Technik oder für wissenschaftliche Forschungszwecke

Einschränkungen

• Die Abdeckung von Patentsequenzen ist unvollständig oder veraltet, insbesondere für Rechtsordnungen außerhalb der USA
• Keine Verknüpfung mit Informationen zum Rechtsstatus oder zur Patentfamilie
• Eingeschränkte Funktionen für die antikörperspezifische Suche (z. B. CDR-Zuordnung)
• Die Ergebnisse sind nicht mit den Rechtsnachfolgern, den Anmeldetagen oder dem Umfang der Ansprüche verknüpft
• Nicht für kommerzielle FTO- oder Portfoliomanagement-Workflows konzipiert

Am besten geeignet für: Wissenschaftliche Forscher oder erste explorative Recherchen. Nicht empfohlen für IP-Teams, die umfassende, rechtlich korrekte Ergebnisse für die IP-Strategie im Bereich Biologika benötigen.

Option 2: Eigene Tools der Patentämter (Datenbanken des USPTO und des EPA)

Einige Patentämter, darunter das USPTO und das EPA, bieten eigene Suchwerkzeuge an, die Sequenzauflistungen enthalten. So bietet beispielsweise das USPTO über seine Datenbanken PatFT und AppFT Zugriff auf Sequenzdaten.

Stärken

• Direkter Zugriff auf die offiziellen Unterlagen des Patentamts
• Informationen zum Rechtsstatus sind verbindlich
• Es ist keine zusätzliche Lizenz erforderlich

Einschränkungen

• Jede Gerichtsbarkeit muss separat durchsucht werden – es gibt keine Gesamtansicht
• Benutzeroberflächen sind oft veraltet und schwer zu bedienen
• Keine fortgeschrittene Sequenzalignierung oder Homologiesuche
• Sehr eingeschränkte Analyse- und Visualisierungsfunktionen
• Zeitaufwändig und fehleranfällig bei umfangreichen Suchvorgängen

Am besten geeignet für: Stichprobenprüfungen in einzelnen Rechtsordnungen oder die Überprüfung bestimmter Patentdaten. Nicht geeignet für umfassende weltweite Recherchen oder Analysen auf Portfolioebene, insbesondere nicht für die Bewertung komplexer Patentlandschaften im Bereich der Gentherapie.

Option 3: Kommerzielle Plattformen für die Patentrecherche im Bereich der Biosequenzierung

Kommerzielle Plattformen, die speziell für geistiges Eigentum im Bereich der Biologika entwickelt wurden, vereinen fortschrittliche Algorithmen zur Sequenzsuche, eine weltweite Patentabdeckung und die Einbindung des rechtlichen Status. Diese Tools zur Patentrecherche für Proteinsequenzen sind auf die Arbeitsabläufe von Patentanwälten, FTO-Analysten und IP-Strategen in der Biopharmabranche zugeschnitten.

Worauf sollten IP-Fachleute bei einer kommerziellen Plattform für die Suche nach Biosequenzen achten?

Bei der Bewertung kommerzieller Lösungen sollten IP-Experten folgenden Aspekten Vorrang einräumen:

• Weltweite Abdeckung von Patentsequenzen: einschließlich USPTO, EPO, WIPO, JPO, CNIPA und anderer wichtiger Rechtsordnungen
• Erweiterte Suchfunktionen: BLAST-ähnliche Alignment-Analyse, Homologiesuche und CDR-spezifische Abfragen für eine präzise Suche nach Antikörperpatenten
• Integration des Rechtsstatus: Zuordnung von Sequenzen zu Patentfamilien, Rechtsnachfolgern, Anmeldetagen und aktuellem Status
• Geschwindigkeit und Skalierbarkeit: Möglichkeit, Batch-Suchen durchzuführen und große Datensätze zu analysieren
• Workflow-Kompatibilität: Export in Rechtsmanagementsysteme, Funktionen für die Zusammenarbeit und Berichterstellung

Wie Patsnap Bio diese Anforderungen erfüllt

Patsnap Bio wurde speziell für die Suche nach biologischen Sequenzen in weltweiten Patentanmeldungen entwickelt. Die Plattform bietet eine BLAST-ähnliche Sequenzabgleichfunktion für Millionen von Patentsequenzangaben und deckt dabei das USPTO, das EPA, die WIPO sowie weitere wichtige Patentämter umfassend ab. Sie unterstützt die Suche nach Protein-, Nukleotid- und RNA-Sequenzen – eine unverzichtbare Funktion für Teams, die an Biologika, Gentherapien und mRNA-Therapeutika arbeiten.

Was Bio von anderen Tools zur Suche nach Proteinsequenzpatenten unterscheidet, ist die Verknüpfung von Sequenzdaten mit Patentinformationen. Wenn Sie eine Sequenzsuche durchführen, werden die Ergebnisse automatisch folgenden Bereichen zugeordnet:

• Rechtsstatus des Patents (erteilt, angemeldet, abgelaufen, zurückgenommen)
• Angaben zum Rechtsnachfolger und zum Erfinder
• Patentfamilien und Prioritätsdaten
• Angaben zu Umfang und Ablauf der Leistungen

Für Antikörperentwickler bietet Bio eine spezielle CDR-Suchfunktion, mit der Sie anhand komplementaritätsbestimmender Regionen statt anhand vollständiger Sequenzen suchen können – eine entscheidende Funktion für die FTO- und Stand-der-Technik-Analyse im Bereich der Antikörperentwicklung.

Die Plattform unterstützt zudem die Stapelsuche, sodass Sie mehrere Sequenzen hochladen und umfassende Analysen auf Portfolioebene in einem Bruchteil der Zeit durchführen können, die bei der Verwendung manueller oder landesspezifischer Tools erforderlich wäre.

Option 4: Integrierte IP-Intelligence-Suiten

Einige Plattformen kombinieren die Suche nach Biosequenzen mit umfassenderen Analysen zum geistigen Eigentum, der Suche nach chemischen Strukturen und Business Intelligence. Dies ist besonders nützlich für Unternehmen, die Sequenzdaten mit Wettbewerbsinformationen, Transaktionsaktivitäten und F&E-Trends verknüpfen müssen.

Beispielsweise können Teams, die Patsnap Bio zusammen mit Patsnap Synapse nutzen, Proteinsequenzen nicht nur Patentanmeldungen zuordnen, sondern auch Arzneimittelpipelines, klinischen Studien und Lizenzvereinbarungen. Diese integrierte Sichtweise hilft IP-Experten dabei, nicht nur zu erkennen, ob eine Sequenz patentiert ist, sondern auch , wem sie gehört, in welchem Entwicklungsstadium sie sich befindet und ob sie Teil eines aktiven kommerziellen Programms ist.

Ebenso können Sie durch die Kombination von Bio mit Patsnap Analytics Marktanalysen durchführen, Anmeldungen von Wettbewerbern verfolgen und Visualisierungen erstellen, die den Verantwortlichen in den Rechts- und Geschäftsbereichen Risiken oder Chancen im Bereich des geistigen Eigentums verdeutlichen.

Wie wählt man das richtige Tool für die Patentrecherche nach Proteinsequenzen aus?

Die Wahl des Tools sollte sich nach dem Umfang, der Häufigkeit und der strategischen Bedeutung Ihrer Sequenzsuche richten:

• Für gelegentliche akademische oder explorative Recherchen: Öffentliche Datenbanken wie NCBI können ausreichen
• Für die Überprüfung in einem einzigen Rechtsraum: Die Tools der jeweiligen Patentämter können zwar genutzt werden, es ist jedoch mit Ineffizienz zu rechnen
• Für ein umfassendes FTO-, Stand-der-Technik- oder Portfoliomanagement: Eine kommerzielle Plattform wie Patsnap Bio ist die sicherste und skalierbarste Wahl
• Für integrierte IP- und Business-Intelligence-Lösungen: Eine Suite, die Sequenzsuche mit Pipeline- und Wettbewerbsdaten kombiniert, bietet den größten strategischen Mehrwert

Abschließende Gedanken

Die Zuordnung von Proteinsequenzen zu weltweiten Patentanmeldungen ist längst keine technische Nischenaufgabe mehr – sie ist eine Kernkompetenz für jedes IP-Team, das in den Bereichen Biologika, Gentherapie oder Proteintherapeutika tätig ist. Die von Ihnen verwendeten Tools zur Patentrecherche nach Proteinsequenzen wirken sich unmittelbar auf die Qualität, Geschwindigkeit und Verteidigungsfähigkeit Ihrer FTO-Analysen, Recherchen zum Stand der Technik und Strategien zur Patentanmeldung aus.

Kostenlose und native Tools haben zwar ihre Berechtigung, doch in Bezug auf globale Abdeckung, rechtliche Integration und Workflow-Effizienz stoßen sie an ihre Grenzen. Kommerzielle Plattformen, die speziell für diese Herausforderung entwickelt wurden – wie Patsnap Bio –, bieten die Präzision, die Skalierbarkeit und den strategischen Kontext, die moderne IP-Fachleute benötigen.

Wenn Ihr Team regelmäßig sequenzbasierte Patentrecherchen durchführt oder wenn Sie sich auf ein FTO-Gutachten, Lizenzverhandlungen oder eine Portfolioüberprüfung vorbereiten, lohnt es sich zu prüfen, ob Ihre derzeitigen Tools den hohen Anforderungen Ihrer Arbeit wirklich gerecht werden. Erfahren Sie, wie Patsnap Bio IP-Teams dabei unterstützt, Sequenzen schnell, präzise und mit globaler Abdeckung Patenten zuzuordnen –entdecken Sie die Plattform oder kontaktieren Sie uns, um eine Demo zu vereinbaren.