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Revolutionierung der Biosequenzanalyse: Einführung des ersten Tools zur Modifikationssuche

In der sich ständig weiterentwickelnden Landschaft der Pharmazeutika und Biotechnologie sind Präzision und Effizienz während des gesamten Forschungs- und Entwicklungsprozesses (F&E) von größter Bedeutung. Um mit den rasanten Fortschritten in den Biowissenschaften Schritt zu halten, sind innovative Lösungen unerlässlich.  

In diesem Artikel befassen wir uns mit der neuesten Version von Patsnap Bio, dem weltweit ersten Suchwerkzeug für chemische Modifikationen, und damit, wie es die Techniken der Sequenzsuche verbessern und die FTO- Analyse (Freedom to Operate) optimieren kann.

Was ist Sequenzmodifikation? 

Die Sequenzmodifikation ist von zentraler Bedeutung für die Arzneimittelentwicklung und den Schutz des geistigen Eigentums (IP). Dabei wird eine Protein- oder Nukleinsäuresequenz durch Hinzufügen chemischer Gruppen an bestimmten Stellen verändert, wodurch funktionelle Veränderungen hervorgerufen werden. Fluoreszenzmarkierung, Glykosylierung und Phosphorylierung sind nur einige der vielen Modifikationstechniken, die zur Verfügung stehen, um optimale therapeutische Eigenschaften wie hohe Bioverfügbarkeit und Zielspezifität, verlängerte Halbwertszeit und reduzierte Off-Target-Effekte zu erzielen. Durch das Verständnis der Feinheiten der Sequenzmodifikation können Forscher die Komplexität der therapeutischen Entwicklung effektiver bewältigen und letztendlich die Grenzen der Medizin erweitern und die Behandlungsergebnisse für Patienten verbessern.   

Abbildung einer modifizierten Nukleotidsequenz aus dem Patent US20180195070A1: Zusammensetzungen und Verfahren zur Hemmung der Genexpression von LPA.
Beispiel für eine modifizierte Nukleotidsequenz aus einem Patent US20180195070A1: Zusammensetzungen und Verfahren zur Hemmung der Genexpression von LPA.
Quelle: Patsnap Bio

Feststellung der Patentierbarkeit von Sequenzen

Sequenzbasierte Recherchen sind entscheidend für die Bestimmung der Patentierbarkeit neuer Sequenzen. Sie helfen dabei, sich in der bestehenden IP-Landschaft zurechtzufinden und potenzielle Verletzungsrisiken zu identifizieren. In Bereichen wie der Nukleinsäuretechnologie ist der strategische Einsatz chemischer Modifikationen unerlässlich. Diese Modifikationen sind entscheidend für die Entwicklung von Medikamenten, die die Wirksamkeit von Oligonukleotiden optimieren und sie für die Behandlung komplexer Krankheiten einsetzbar machen.

Trotz ihrer Bedeutung bleibt die mangelnde Standardisierung bei der Beschreibung chemischer Modifikationen in Patenten eine eklatante Lücke. Patentbeschreibungen von Modifikationen sind oft sehr individuell – beispielsweise bezeichnen sowohl 2'-O-Methyl als auch 2'-Ome dieselbe Modifikation der rRNA. Dies stellt eine Herausforderung bei der Suche nach relevanten Patenten mit herkömmlichen Suchmethoden dar und beeinträchtigt die Genauigkeit von FTO-Recherchen.  

Um dieses Problem zu lösen, müssen Forscher eine Reihe arbeitsintensiver Suchmethoden anwenden. Dazu gehört die Kombination traditioneller Sequenzsuchen mit umfassenden Stichwortsuchen, um alle potenziellen Varianten einer Modifikation zu erfassen. Anschließend müssen sie die Modifikationsdaten für jede Sequenz manuell und sorgfältig Punkt für Punkt überprüfen.  

Patsnap Bio beseitigt diese Herausforderungen, indem es Innovatoren eine Möglichkeit bietet, Sequenzmodifikationsdaten mithilfe von KI schneller und mit größerer Zuverlässigkeit zu kuratieren und zu analysieren. Die neu eingeführte Modifikationssuche ermöglicht es Benutzern, mit oder ohne Abfrage-Sequenz nach ortsspezifischen Modifikationen zu suchen, wobei sie auf eine Datenbank mit über 1,5 Millionen modifizierten Sequenzen zurückgreifen können. Diese Funktion beantwortet wichtige Fragen wie: 

  • Wie weit verbreitet ist diese Modifikation?   
  • Welche bestehende Technik enthält diese Modifikation? 
  • Welche weiteren Änderungen stehen im Zusammenhang mit meiner Anfrage? 
GIF, das einen Arbeitsablauf in Patsnap zeigt, bei dem ein Benutzer die gewünschte Sequenzlänge und die Stelle/Art der Modifikation eingibt.
Um eine Suche zu starten, geben Benutzer einfach die gewünschte Sequenzlänge und die Position/Art der Modifikation ein. Bei Bedarf kann auch eine Abfrage-Sequenz verwendet werden.  

Durch die Erleichterung des umfassenden Abrufs und Verständnisses von Sequenzmodifikationsdaten ermöglicht Patsnap Bio Forschern, IP-Fachleuten und F&E-Mitarbeitern einen effektiven Ansatz für die Entwicklung und Optimierung von Therapeutika von Weltklasse. 

Wichtigste Merkmale

  • Standardisierte Modifikationsbibliothek: Durch den Einsatz fortschrittlicher KI und sorgfältiger manueller Kuratierung konsolidiert Patsnap Bio Sequenzmodifikationsdaten in einer standardisierten Bibliothek. Diese Daten umfassen neun Hauptkategorien und 382 Unterkategorien chemischer Modifikationstypen und gewährleisten so eine umfassende Abdeckung. 
  • Flexible Suchoptionen: Die Modifikationssuche von Patsnap Bio bietet sowohl eine sequenzbasierte als auch eine sequenzfreie Suchoption und erleichtert so die Identifizierung von Trends und Erkenntnissen zu einer bestimmten Modifikation. Bei einer sequenzbasierten Abfrage können bis zu 200 Zielsequenzen gleichzeitig mit lokalen oder globalen Alignment-Methoden durchsucht werden.
Bild, das die beiden verschiedenen Suchtypen zeigt – entweder mit einer Sequenzabfrage oder ohne Sequenzabfrage.
Zwei Suchoptionen bieten ultimative Flexibilität, um Suchanfragen auf bestimmte Forschungsziele auszurichten.  
  • Modifikationstrends visualisieren: Mit seinen robusten Visualisierungstools ermöglicht Patsnap Bio den Nutzern, die Verteilung chemischer Modifikationen innerhalb ihrer Suchergebnisse nahtlos zu erkunden. Diese Tools erleichtern die Gewinnung wertvoller Erkenntnisse zu abgefragten Sequenzen oder Modifikationstypen und verbessern so die Entscheidungsfindung.
GIF mit Suchergebnisseite und einer visuellen Zusammenfassung der wichtigsten Modifikationstrends innerhalb der Trefferfolgen, von denen aus Sie zu bestimmten Ergebnissen für eine eingehende Analyse weitergehen können.  
Die Ergebnisseite bietet eine visuelle Zusammenfassung der wichtigsten Modifikationstrends in Ihren Treffer-Sequenzen, von denen aus Sie zu spezifischen Ergebnissen für eine eingehende Analyse weitergehen können.  
  • Eingehende Quellenanalyse: Identifizieren Sie neue Möglichkeiten und bewerten Sie die Patentierbarkeit von Erfindungen, indem Sie schnell auf die entsprechenden Patente zu Ihren Suchergebnissen zugreifen und sich mit den Änderungsansprüchen befassen.
Workflow, der die Patsnap-Patentansicht zeigt und einen Einblick in die Quellen gibt, aus denen die Modifikationen der Treffer-Sequenz abgerufen wurden, sowie durch Anklicken detailliertere Informationen anzeigt.  
Jede Trefferfolge zeigt die Quellen an, aus denen die Trefferänderungen abgerufen wurden, und kann angeklickt werden, um weitere Details anzuzeigen.  
  • Sofortiger Modifikationsbericht: Mit nur einem Klick können Sie exportierbare Berichte erstellen, die die Verteilung der Treffer-Modifikationen sowie eine Zusammenfassung aller anderen Sequenzmodifikationen innerhalb eines Ergebnissatzes zusammenfassen. Diese Berichte beschleunigen die Identifizierung und Zusammenstellung von umsetzbaren Erkenntnissen für weitere Analysen und Entscheidungsfindungen.
Der exportierbare Modifikationssuchbericht fasst die Verteilung sowohl der Treffer-Modifikationen als auch anderer Modifikationen zusammen, die in den Treffer-Sequenzen vorhanden sind.  
Der exportierbare Modifikationssuchbericht fasst die Verteilung sowohl der Treffer-Modifikationen als auch anderer Modifikationen zusammen, die in den Treffer-Sequenzen vorhanden sind.  

Patsnap Bio: Die Zukunft der biotherapeutischen Innovation gestalten 

Mit seiner unvergleichlichen Funktionalität und seinen Einblicken in die Welt der Biosequenzen läutet Patsnap Bio eine neue Ära der Effizienz und Präzision in der Welt der biotherapeutischen Innovation ein. 

Um mehr über die neue Modifikationssuche von Patsnap zu erfahren, vereinbaren Sie einen Termin für eine Demo, um sie in Aktion zu sehen, oder probieren Sie Patsnap Bio noch heute kostenlos aus.

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