Mis à jour le 4 mars 2026 | Rédigé par l'équipe Patsnap

Pour les professionnels des brevets travaillant dans le domaine des produits biologiques, une question revient sans cesse : cette séquence protéique est-elle déjà brevetée ? Que vous réalisiez une analyse de liberté d’exploitation (FTO) pour un anticorps monoclonal, que vous évaluiez l’état de la technique pour une nouvelle enzyme ou que vous gériez un portefeuille de brevets couvrant les thérapies géniques, il est essentiel de pouvoir recouper les séquences protéiques avec les dépôts de brevets à l’échelle mondiale. Pour identifier efficacement les séquences brevetées, il faut disposer d’outils spécialisés de recherche de brevets sur les séquences protéiques.

Il est possible de recouper les séquences protéiques avec les dépôts de brevets mondiaux à l'aide de bases de données publiques (par exemple, NCBI BLAST), d'outils natifs des offices des brevets (par exemple, l'USPTO) ou de plateformes commerciales spécialisées dans la recherche de séquences biologiques, telles que Patsnap Bio. Chaque catégorie d'outils offre des fonctionnalités distinctes pour l'analyse de la liberté d'exploitation (FTO), l'évaluation de l'état de la technique et la gestion stratégique de portefeuille dans les domaines en pleine évolution des produits biologiques, de la thérapie génique et des thérapies protéiques.

Le problème est que les données de séquences contenues dans les brevets ne peuvent pas être consultées comme du texte. Il s'agit d'informations biologiques structurées — chaînes d'acides aminés, séquences de nucléotides, régions CDR — qui nécessitent des outils spécialisés pour être interrogées, analysées et comparées. Et avec des millions de listes de séquences déposées auprès des offices de brevets du monde entier, la recherche manuelle n'est tout simplement pas évolutive, ce qui souligne la nécessité de disposer d'outils avancés de recherche de brevets sur les séquences protéiques.

Dans cet article, nous allons comparer les principaux outils et méthodes permettant de mettre en correspondance les séquences protéiques avec les demandes de brevet, évaluer leurs atouts et leurs limites, et vous aider à trouver la solution la mieux adaptée à votre flux de travail.

Pourquoi la recherche de séquences protéiques dans les brevets est-elle si complexe ?

Contrairement aux recherches de brevets basées sur des mots-clés, la recherche de séquences biologiques nécessite des algorithmes capables d'identifier non seulement les correspondances exactes, mais aussi les séquences homologues, les variants et les protéines fonctionnellement similaires. Avec la croissance rapide du marché des produits biologiques, qui se traduit par un nombre croissant d'autorisations réglementaires et de dépôts de brevets pour de nouvelles thérapies, la recherche exhaustive de séquences est devenue encore plus cruciale. Vous êtes confronté à :

• Des millions de listes de séquences provenant de l'USPTO, de l'OEB, de l'OMPI et d'autres juridictions
• Les correspondances partielles, les mutations et les fragments de séquence qui peuvent encore présenter un intérêt juridique
• La nécessité de mettre en correspondance les séquences avec le statut juridique, les cessionnaires et la portée des revendications
• Recherches spécifiques aux anticorps qui se concentrent sur les régions CDR, et non sur les séquences complètes

C'est pourquoi les plateformes spécialisées dans la recherche de séquences biologiques sont devenues indispensables pour les professionnels de la propriété intellectuelle dans les domaines de la biopharmacie, de la thérapie génique et des thérapies protéiques.

Option 1 : Bases de données publiques (NCBI BLAST, EBI, PatentLens)

Des bases de données publiques telles que l'outil BLAST du NCBI ou l'Institut européen de bioinformatique (EBI) offrent un accès gratuit à des services d'alignement et de recherche de séquences. Certaines de ces plateformes intègrent des bases de données de séquences de brevets, comme la division Brevets du NCBI ou des initiatives telles que PatentLens (anciennement proposée par CAMBIA).

Points forts

• Gratuit et largement accessible
• Algorithmes bien établis (BLAST, FASTA) pour l'alignement de séquences
• Utile pour une recherche documentaire de base ou pour la recherche universitaire

Limitations

• La couverture des séquences dans les brevets est incomplète ou obsolète, en particulier pour les juridictions hors des États-Unis
• Pas d'intégration des informations relatives au statut juridique ou à la famille de brevets
• Fonctionnalités limitées pour les recherches spécifiques aux anticorps (par exemple, le mappage des CDR)
• Les résultats ne sont pas liés aux cessionnaires, aux dates de dépôt ou à l'étendue des revendications
• N'est pas conçu pour les processus opérationnels de gestion de portefeuille ou de FTO à des fins commerciales

Idéal pour : les chercheurs universitaires ou les recherches exploratoires préliminaires. Non recommandé pour les équipes chargées de la propriété intellectuelle qui ont besoin de résultats exhaustifs et juridiquement précis pour élaborer une stratégie en matière de propriété intellectuelle dans le domaine des produits biologiques.

Option 2 : Outils natifs des offices de brevets (bases de données de l'USPTO et de l'OEB)

Certains offices des brevets, notamment l'USPTO et l'OEB, proposent des outils de recherche intégrés qui incluent des listes de séquences. Par exemple, l'USPTO permet d'accéder à des données de séquences via ses bases de données PatFT et AppFT.

Points forts

• Accès direct aux dossiers officiels de l'office des brevets
• Les informations relatives au statut juridique font autorité
• Aucune licence supplémentaire n'est requise

Limitations

• Chaque juridiction doit faire l'objet d'une recherche distincte — il n'y a pas de vue d'ensemble
• Les interfaces utilisateur sont souvent obsolètes et difficiles à utiliser
• Pas d'alignement avancé de séquences ni de recherche d'homologie
• Capacités d'analyse ou de visualisation très limitées
• Une opération fastidieuse et source d'erreurs pour les recherches à grande échelle

Idéal pour : les vérifications ponctuelles dans une seule juridiction ou la vérification de dossiers de brevets spécifiques. Ne convient pas aux recherches mondiales exhaustives ni aux analyses au niveau du portefeuille, en particulier pour les évaluations complexes du paysage des brevets en thérapie génique.

Option 3 : Plateformes commerciales de recherche de brevets sur les séquences biologiques

Les plateformes commerciales spécialement conçues pour la propriété intellectuelle dans le domaine des produits biologiques associent des algorithmes avancés de recherche de séquences, une couverture mondiale des brevets et l'intégration des statuts juridiques. Ces outils de recherche de brevets sur les séquences protéiques sont conçus pour s'adapter aux processus de travail des conseillers en brevets, des analystes en liberté d'exploitation et des stratèges en propriété intellectuelle dans le secteur biopharmaceutique.

Quels sont les critères que les professionnels de la propriété intellectuelle doivent prendre en compte lorsqu'ils choisissent une plateforme de recherche commerciale sur les séquences biologiques ?

Lorsqu'ils évaluent des solutions commerciales, les professionnels de la propriété intellectuelle devraient accorder la priorité à :

• Couverture mondiale des séquences de brevets : notamment l'USPTO, l'OEB, l'OMPI, le JPO, le CNIPA et d'autres juridictions clés
• Fonctionnalités de recherche avancées : alignement de type BLAST, recherche d'homologie et requêtes spécifiques aux CDR d'anticorps pour une recherche précise sur les brevets relatifs aux anticorps
• Intégration du statut juridique : mise en correspondance des séquences avec les familles de brevets, les cessionnaires, les dates de dépôt et le statut actuel
• Rapidité et évolutivité : capacité à effectuer des recherches par lots et à analyser de grands volumes de données
• Compatibilité avec les flux de travail : exportation vers des systèmes de gestion juridique, fonctionnalités de collaboration et génération de rapports

Comment Patsnap Bio répond à ces besoins

Patsnap Bio est spécialement conçu pour la recherche de séquences biologiques dans les dépôts de brevets du monde entier. Il propose un alignement de type BLAST sur des millions de séquences de brevets, avec une couverture étendue de l'USPTO, de l'OEB, de l'OMPI et d'autres grands offices des brevets. La plateforme prend en charge les recherches de séquences protéiques, nucléotidiques et d'ARN, ce qui est essentiel pour les équipes travaillant dans les domaines des produits biologiques, des thérapies géniques et des thérapies à base d'ARNm.

Ce qui distingue Bio des autres outils de recherche de brevets sur les séquences protéiques, c'est l'intégration des données de séquences et des informations sur les brevets. Lorsque vous lancez une recherche de séquences, les résultats sont automatiquement mis en correspondance avec :

• Statut juridique du brevet (délivré, en instance, expiré, abandonné)
• Informations sur le cessionnaire et l'inventeur
• Familles de brevets et dates de priorité
• Annotations relatives à la portée et au déroulement des revendications

Pour les développeurs d'anticorps, Bio intègre une fonctionnalité spécialisée de recherche de CDR, qui vous permet d'effectuer des recherches en fonction des régions déterminantes pour la complémentarité plutôt que des séquences complètes — une fonctionnalité essentielle pour l'analyse FTO et l'analyse de l'état de la technique dans le domaine des anticorps.

La plateforme prend également en charge la recherche par lots, ce qui vous permet de télécharger plusieurs séquences et d'effectuer des analyses complètes à l'échelle du portefeuille en un temps bien plus court qu'avec des outils manuels ou spécifiques à une juridiction.

Option 4 : Suites intégrées de veille en matière de propriété intellectuelle

Certaines plateformes associent la recherche de séquences biologiques à des analyses plus générales en matière de propriété intellectuelle, à la recherche de structures chimiques et à l'intelligence économique. Cela s'avère particulièrement utile pour les organisations qui ont besoin de relier les données de séquences à des informations sur la concurrence, à l'activité commerciale et aux tendances en matière de R&D.

Par exemple, les équipes qui utilisent Patsnap Bio en complément de Patsnap Synapse peuvent mettre en correspondance des séquences protéiques non seulement avec des demandes de brevet, mais aussi avec des pipelines de médicaments, des essais cliniques et des accords de licence. Cette vue d'ensemble permet aux professionnels de la propriété intellectuelle de savoir non seulement si une séquence est brevetée, mais aussi à qui elle appartient, à quel stade de développement elle se trouve et si elle fait partie d'un programme commercial en cours.

De même, en associant Bio à Patsnap Analytics, vous pouvez réaliser des analyses du paysage concurrentiel, suivre les dépôts de vos concurrents et générer des visualisations qui permettent de présenter les risques ou les opportunités en matière de propriété intellectuelle aux acteurs juridiques et commerciaux.

Comment choisir le bon outil de recherche de brevets sur les séquences protéiques ?

Le choix de l'outil doit dépendre de l'ampleur, de la fréquence et de l'importance stratégique de vos recherches de séquences :

• Pour des recherches ponctuelles à des fins universitaires ou exploratoires : des bases de données publiques telles que le NCBI peuvent suffire
• Pour une vérification dans une seule juridiction : les outils natifs des offices des brevets peuvent convenir, mais il faut s'attendre à un certain manque d'efficacité
• Pour une gestion complète des droits de propriété intellectuelle (FTO), de l'état de la technique ou du portefeuille : une plateforme commerciale telle que Patsnap Bio constitue le choix le plus sûr et le plus évolutif
• Pour une approche intégrée de la propriété intellectuelle et de l'intelligence économique : une suite combinant la recherche de séquences avec des données sur les pipelines et la concurrence offre la plus grande valeur stratégique

Conclusions finales

Le recoupement des séquences protéiques avec les dépôts de brevets à l'échelle mondiale n'est plus une tâche technique de niche : il s'agit désormais d'une compétence essentielle pour toute équipe chargée de la propriété intellectuelle travaillant dans les domaines des produits biologiques, de la thérapie génique ou des thérapies protéiques. Les outils de recherche de brevets sur les séquences protéiques que vous utilisez ont un impact direct sur la qualité, la rapidité et la solidité juridique de vos analyses de liberté d'exploitation, de vos recherches d'antériorité et de vos stratégies de dépôt de brevets.

Si les outils gratuits et natifs ont leur utilité, ils présentent toutefois des lacunes en matière de couverture mondiale, d'intégration juridique et d'efficacité des processus. Les plateformes commerciales conçues pour relever ce défi spécifique, comme Patsnap Bio, offrent la précision, l'envergure et le contexte stratégique dont les professionnels de la propriété intellectuelle ont besoin aujourd'hui.

Si votre équipe effectue régulièrement des recherches de brevets basées sur des séquences, ou si vous vous préparez à rédiger un avis de liberté d'exploitation, à mener des négociations de licence ou à procéder à un examen de portefeuille, il est utile de déterminer si vos outils actuels sont réellement à la hauteur de la rigueur qu'exige votre travail. Découvrez comment Patsnap Bio aide les équipes chargées de la propriété intellectuelle à associer des séquences à des brevets avec rapidité, précision et une couverture mondiale :explorez la plateforme ou contactez-nous pour planifier une démonstration.